دستگاه میکروسی‌تی یا Micro-Computed Tomography یک دستگاه تصویربرداری سه بعدی با استفاده از پرتوی ایکس است. این دستگاه همان روش تصویربرداری سی­تی ­اسکن بیمارستانی با اندک تفاوت‌ در هندسه و طراحی است که سبب بهتر شدن دقت تصویربرداری و رزولوشن نسبت به سی‌تی بالینی می‌شود و بنابراین مناسب برای بررسی ساختارهای بسیار ریز است.  در این تکنیک، تصاویر دو بعدی در زوایای مختلف یا به اصطلاح پروجکشن‌ها از جسم تهیه و سپس با روش‌های پردازش ریاضی و کامپیوتری به تصاویر مقطعی (اسلایس‌ها) و در نهایت تصاویر سه بعدی تبدیل می‌شوند. تصاویر دو بعدی می‌توانند در حالی که تیوب و آشکارساز ثابت هستند و جسم در حال چرخش است گرفته شوند و یا حالتی که تیوب پرتوی ایکس و آشکارساز به دور جسمی که در مرکز دوران این دو ثابت است دوران می‌کند. حالت اول مشابه با عملکرد دستگاه میکرو سی‌تی LOTUS-NDT مناسب برای تصویربرداری از نمونه‌های غیر زنده و حالت دوم مشابه عملکرد LOTUS-inVivo برای تصویربرداری از نمونه‌های زنده می‌باشد. در این روش تصاویر با ابعاد پیکسلی به کوچکی ۱ میکرومتر هم تولید می‌شود. تصاویر حاصل می‌توانند برای ساخت مدل سه بعدی از جسم و بسیاری از آنالیزها از جمله محاسبه‌ی تخلخل اجسام متخلخل، توزیع سایز حفرات، تفکیک مواد، تعیین مورفولوژی، بررسی خواص مکانیکی و ... به کار روند. این تصویربرداری در حوزه‌ی وسیعی از علوم و صنایع کاربرد دارد؛ دندانپزشکی، مطالعات پیش بالینی، آناتومی، حشره شناسی، زیست‌شناسی، حشره شناسی، مهندسی کشاورزی و صنایع غذایی، مهندسی نفت، مهندسی عمران، مهندسی مواد، مهندسی بافت، مهندسی شیمی، مهندسی الکترونیک، باستان شناسی، فسیل شناسی و ... ازجمله آن هستند.
دستگاه میکرو سی تی اسکن آزمایشگاه مرکزی دانشگاه خوارزمی در حال دریافت مجازهای شروع به کار است.